反硝化细菌能利用的碳源是多种多样的，但从废水生物处理生物脱氮角度分为三类，废水中多含的有机碳源、外加碳源、内碳源。

废水中各种有机基质都可以作为反硝化过程中的电子供体，当废水中有足够的有机物质，就不必另外投加碳源。一般实际工程中应控制BOD5/TN大于4∶1。当废水中碳氮比过低，即BOD5/TN小于3∶1时，需要另外投加碳源才能达到理想的去碳效果。